Lietuvoje šiemet suskaičiuota daugiau kaip 9 tūkst. didžiųjų kormoranų porų arba jų lizdų. Šie paukščiai įsikūrę devyniose įvairaus dydžio kolonijose. 

Didžiausia kolonija – Juodkrantės. Čia didieji kormoranai pradėjo perėti apie 1990 m. ir jų nuolat gausėjo. Šiemet čia perėjo apie 4 tūkst. didžiųjų kormoranų porų. Tai vienintelė kolonija, kur taikomos kormoranų gausos reguliavimo priemonės. Nenustatyta, kad dėl gausos reguliavimo darbų būtų kilusi grėsmė kartu su kormoranais perinčių pilkųjų garnių ar kitų paukščių lizdų saugumui. 

Kita pagal gausą kolonija – Rusnės salyno. Šiemet čia suskaičiuota daugiau nei 3 tūkst. kormoranų porų. Trečia gausi šių paukščių kolonija yra Pajūrio regioninio parko Plazės rezervate, kur kasmet suskaičiuojama iki 1,2 tūkst. Lizdų. Kitose, mažesnėse kolonijose peri nuo kelių iki 200 porų didžiųjų kormoranų. 

Jau ne vienerius metus visuomenėje nėra sutarimo vertinant šiuos paukščius. Kormoranų priešininkai ragina mažinti jų populiaciją, nes jie niokoja mišką, išgaudo žuvį. Gamtininkų teigimu, didieji kormoranai kaltinami nepelnytai.  

Kormoranai, kaip ir bet kuri kita laukinių paukščių rūšis, yra saugomi ES ir nacionaliniu lygiu. Jų populiacijos reguliavimas galimas tik išimtiniais atvejais, gavus Aplinkos apsaugos agentūros leidimą.