Aplinkos apsaugos agentūra bendradarbiaudama su Klaipėdos universitetu atlieka mikrobiologinių ir biogeocheminių procesų įtakos maistmedžiagių balansui Kuršių mariose ir jų prietakai į Baltijos jūrą vertinimą. Teigiama, kad tyrimų rezultatai leis išvengti nepagrįstų spėliojimų apie galimą marių įtaką medžiagų ir energijos srautams joje ir eutrofikacijos požymiams Baltijos jūroje bei padės rengti priemones aplinkos būklės gerinimui Kuršių mariose ir Baltijos jūros priekrantėje.

Jūros rajono būklė labai priklauso nuo bendros Baltijos jūros būklės, tačiau priekrantės dalį veikia Kuršių marių vandens prietaka, kurioje maistmedžiagių koncentracija yra 3–5 kartus didesnė nei jūros vandenyje. Vertinant maistmedžiagių prietaką iš Nemuno į Baltijos jūrą svarbu įvertinti Kuršių marių vaidmenį.

Azoto fiksacija, denitrifikacija, nitratų redukcija ir kt. – moksliniai ekologų naudojami terminai, dažniausiai kalbant apie vandens telkinio eutrofikaciją. Tai procesai, kurie apibūdina azoto ciklą – jo įsisavinimą iš atmosferos, sunaudojimą bei pašalinimą vandenyje ir dugno nuosėdose gyvenančių gyvųjų organizmų, ir tuo pačiu – vienų azoto junginių virtimą kitais azoto junginiais.

Be upėmis atnešamos taršos azoto junginiais, Kuršių mariose yra ir vidinis azoto ciklas, kuriame dėl gyvųjų organizmų ir įvairių cheminių reakcijų azoto junginiai migruoja sistemoje „oras–vanduo–dugno nuosėdos“. Mokslininkų tyrimai rodo, kad Kuršių marios atlieka tiek azoto junginių šalinimo iš sistemos funkciją (kaupiant dugno nuosėdose), tiek ir yra antrinės taršos azoto junginiais šaltinis (atpalaiduojant azoto junginius iš nuosėdų atgal į vandenį). Todėl detalesni azoto balanso ir biogeocheminių procesų tyrimai labai svarbūs, siekiant išsiaiškinti Kuršių marių ekosistemoje vykstančius procesus, turinčius įtakos marių ekologinei būklei ir maistmedžiagių balansui vandens telkinyje ir prietakai į jūrą.